Le microbiote intestinal est bien plus qu’un simple ensemble de bactéries : c’est un organe à part entière, en interaction constante avec notre système endocrinien et nerveux. Lors d’un webinaire récent, le Dr Marie Coupleux, docteure en pharmacie et formatrice à l’Institut d’Endobiogénie, a expliqué comment le microbiote s’intègre dans une vision intégrative de la santé, en lien avec l’endobiogénie. Voici les points clés de son intervention.

Le microbiote : un acteur central de l’équilibre endocrinien

Un écosystème en symbiose avec l’humain

Le microbiote intestinal est le fruit d’une coévolution de millions d’années entre l’humain et les micro-organismes. Il comprend :

• 39 000 milliards de bactéries (dont Fecalibacterium, Bifidobactéries, Akkermansia).
• Des archées, champignons, levures et phages, formant un écosystème complexe et unique à chaque individu.

Fonctions majeures :

• Digestion des fibres (indispensable, car l’humain ne possède pas les enzymes nécessaires).
• Production de vitamines (K, B) et d’acides aminés essentiels (BCAA).
• Modulation immunitaire et protection contre les pathogènes.
• Communication avec le cerveau via l’axe intestin-cerveau.

Le saviez-vous ? Chaque personne possède environ 160 souches bactériennes spécifiques, formant une « signature » unique. Pourtant, malgré cette diversité, le microbiote remplit les mêmes fonctions vitales chez tous les individus : digestion, immunité et équilibre cérébral.

Microbiote et endobiogénie : une relation étroite

L’endobiogénie est une approche médicale qui étudie les interactions entre le système endocrinien et le système nerveux végétatif. Selon le Dr Coupleux, le microbiote agit comme un « organe tampon », s’adaptant aux besoins métaboliques dictés par le cerveau.

Exemple concret : En automne, la baisse de luminosité déclenche une adaptation du microbiote pour favoriser l’absorption des lipides, nécessaires à la production d’énergie pendant les mois froids. Ce mécanisme est orchestré par le système endocrinien, qui anticipe les besoins saisonniers.

Rôle du système nerveux végétatif (SNV) :

• Péristaltisme intestinal : contractions musculaires permettant la progression du bol alimentaire.
• Sécrétions digestives : enzymes, mucus et acide chlorhydrique, essentielles à une digestion optimale.
• Communication bidirectionnelle avec le cerveau, via des métabolites microbiens (comme les AGCC, acides gras à chaîne courte).

Le microbiote comme « usine » : Le Dr Coupleux compare le microbiote à une usine complexe, où chaque « ouvrier » (bactérie) a un rôle spécifique. L’essentiel n’est pas la présence de souches particulières, mais la diversité et l’équilibre global pour assurer toutes les fonctions vitales.

Comment le microbiote s’adapte aux besoins métaboliques

L’influence du système endocrinien

Le système endocrinien, dirigé par le cerveau, agit comme un « PDG » qui anticipe les besoins de l’organisme. Il peut modifier le microbiote pour répondre à des besoins spécifiques, comme :

• L’absorption d’acides aminés (pour la synthèse de protéines).
• La gestion des glucides ou des lipides selon les saisons.

Exemple : Si l’organisme a besoin d’acides aminés (pour le renouvellement cellulaire ou la croissance), le système endocrinien peut :

1. Stimuler des récepteurs à la FSH (hormone folliculo-stimulante) dans le côlon ascendant, provoquant une congestion locale.
2. Favoriser l’absorption des acides aminés dans cette zone.
3. Utiliser l’estrobolome (un sous-ensemble du microbiote) pour recycler les œstrogènes via la déconjugaison des sels biliaires, améliorant ainsi leur réabsorption.

L’impact des saisons sur le microbiote

Le système endocrinien anticipe les changements saisonniers pour adapter le métabolisme :

• En automne/hiver : le microbiote favorise l’absorption des lipides (énergie durable).
• Au printemps/été : il privilégie les glucides (énergie rapide).

Mécanisme : La baisse de luminosité en automne active les noyaux suprachiasmatiques (dans le cerveau), qui stimulent l’axe corticotrope (ACTH). Cela prépare l’organisme à allumer la « chaudière d’hiver » (la thyroïde), en modifiant les comportements alimentaires (envie de gras) et l’activité du microbiote.

Conséquence : Un déséquilibre (stress, alimentation inadaptée) peut perturber cette adaptation, entraînant des carences ou des inflammations.

Déséquilibres du microbiote : causes et conséquences

Les facteurs de déséquilibre

Plusieurs éléments modernes perturbent le microbiote :

• Alimentation déséquilibrée (excès de sucre, graisses, carence en fibres).
• Stress chronique (activation de l’axe corticotrope, inflammation).
• Pollution et perturbateurs endocriniens (pesticides, plastiques).

Conséquences d’une dysbiose

Un microbiote déséquilibré peut entraîner :

• Inflammation chronique (production de LPS, lipopolysaccharides pro-inflammatoires).
• Hyperperméabilité intestinale (« intestin qui fuit »), aggravant les réactions immunitaires.
• Résistance à l’insuline (liée à une surproduction de BCAA par le microbiote).
• Troubles digestifs (ballonnements, constipation, diarrhée).

Exemple : Un microbiote appauvri en Fecalibacterium (bactérie anti-inflammatoire) est associé à des maladies comme la maladie de Crohn.

Le cercle vicieux de l’inflammation

1. Une mauvaise alimentation ou un stress chronique déséquilibrent le microbiote.
2. Le microbiote produit des métabolites pro-inflammatoires (LPS), altérant la muqueuse intestinale.
3. L’inflammation chronique perturbe les signaux hormonaux (axe corticotrope), aggravant les déséquilibres métaboliques.
4. Résultat : fatigue, prise de poids, troubles de l’humeur.

Solution proposée par le Dr Coupleux :

• Rééquilibrer le terrain avec une approche globale (alimentation, gestion du stress).
• Soutenir le microbiote avec des outils comme les postbiotiques (voir partie 4).

Comment agir sur le microbiote ?

1. Comprendre la finalité du déséquilibre

Avant d’agir, il faut identifier pourquoi le microbiote est déséquilibré :

• Besoin métabolique non comblé (ex. : carence en acides aminés) ?
• Stress chronique ?
• Alimentation inadaptée ?

Exemple : Si le microbiote favorise la putréfaction (odeurs de selles), cela peut indiquer un excès de protéines non digérées dans le côlon droit.

2. Les postbiotiques : une solution respectueuse du terrain

Les postbiotiques (métabolites de bactéries inactivées) sont une alternative aux probiotiques, car ils :

• Stimulent le microbiote résident sans introduire de souches étrangères.
• Renforcent la barrière intestinale (réduction de l’hyperperméabilité).
• Modulent l’immunité (équilibre Th1/Th2).
• Agissent sur l’axe intestin-cerveau (production de sérotonine, dopamine).

Cas d’usage :

• Allergies : modulation de la réponse immunitaire.
• Stress/chronic fatigue : soutien de la production de neurotransmetteurs.
• Troubles digestifs : rééquilibrage du microbiote colique.

3. Hygiène de vie et alimentation

• Privilégier les fibres (légumes, fruits, céréales complètes) pour nourrir les bactéries bénéfiques.
• Éviter les aliments ultra-transformés (riches en additifs et pauvres en nutriments).
• Gérer le stress (méditation, sommeil, activité physique).
• Adapter son alimentation aux saisons (lipides en hiver, glucides au printemps).

Le microbiote, un alliée à préserver

Le microbiote est un organe dynamique, en constante interaction avec notre système endocrinien et nerveux. Comme l’a souligné le Dr Coupleux, son équilibre dépend :

1. De notre mode de vie (alimentation, stress, environnement).
2. De notre capacité à écouter les signaux de notre corps (fatigue, troubles digestifs, humeur).
3. D’outils adaptés, comme les postbiotiques, pour soutenir le microbiote sans le forcer.